Факультет организован 7 апреля 1997 года приказом по университету №35/1 в соответствии с решением ученого совета от 27.03.97, как факультет информатики и прикладной математики (ФИПМ).

Предпосылкой для его формирования послужили три кафедры информационного профиля университета - информатики и вычислительной техники, физики и прикладной математики, управления и информатики в технических и экономических системах, входившие в структуру различных факультетов, а также кафедра высшей математики, активно участвующая в подготовке студентов информационного профиля.

Созданный факультет упорядочил подготовку специалистов информационного профиля по четырем специальностям:

• 010200 - прикладная математика;
• 071900 - информационные системы в экономике;
• 210100 - управление и информатика в технических системах;
• 220100 - вычислительные машины, комплексы, системы и сети.

Руководство факультетом было возложено на профессора кафедры высшей математики Давыдова Алексея Александровича, сыгравшего большую роль в его становлении.

1 января 1998 года приказом по университету деканом ФИПМ был назначен заведующий кафедрой УИТЭС доцент Галкин Анатолий Александрович, а 30 мая ученым советом ВлГУ был избран на эту должность по конкурсу.

Структура факультета менялась. В 1997 году в его состав вошла новая кафедра компьютерной графики, которая позднее была объединена с кафедрой инженерной графики и включена в состав механико-технологического факультета.

В 2001 году на ФИПМ была переведена кафедра общей и прикладной физики.

В этом же году в результате реорганизации кафедры физики и прикладной математики, а также кафедры информатики и вычислительной техники в рамках факультета была создана кафедра информатики и защиты информации. Этой кафедре было поручено проведение учебных занятий по дисциплине «Информатика» со студентами всех факультетов университета, а также открытие новой специальности 075400 «Комплексная защита объектов информатизации».

В сентябре 2002 года произошло разделение кафедры информатики и вычислительной техники на кафедру вычислительной техники и кафедру информационных систем и информационного менеджмента.

Сформированные на факультете 7 кафедр:

• высшей математики (ВМ);
• вычислительной техники (ВТ);
• информатики и защиты информации (ИЗИ);
• информационных систем и информационного менеджмента (ИСИМ);
• общей и прикладной физики (ОиПФ);
• управления и информатики в технических и экономических системах (УИТЭС);
• физики и прикладной математики (ФиПМ).

Осуществляли подготовку студентов по девяти специальностям:

• Математика (010100);
• Прикладная математика и информатика (010200);
• Информационные системы и технологии (071900);
• Лазерная техника и лазерные технологии (072300);
• Информационные технологии в образовании (073700);
• Комплексная защита объектов информатизации (075400);
• Управление и информатика в технических системах (210100);
• Вычислительные машины, комплексы, системы и сети (220100);
• Прикладная информатика в экономике (351400).

В январе 2006 года, в результате реорганизации, четыре кафедры: «Вычислительная техника»; «Информатика и защита информации»; «Информационные системы и информационный менеджмент»; «Управление и информатика в технических и экономических системах» были выделены в самостоятельный факультет информационных технологий (ФИТ).

1 ноября 2012 года в целях более эффективной организации учебного процесса по специальности 230201 «Информационные системы и технологии» и направлению 230400 «Информационные системы и технологии» контингент студентов по направлению 230400 и специальности 230201 был передан с МТФ на ФИТ (приказ по университету № 480/1). 11 января 2013 года название кафедры «Информационные системы и информационный менеджмент» (ИСИМ) было изменено в кафедру «Информационные системы и программная инженерия» (ИСПИ), (приказ по университету № 6/1).